Un gruppo di ricercatori della Seoul National University in Corea del Sud, dell‘Università di Cambridge nel Regno Unito e della Lehigh University negli Stati Uniti, hanno lavorato insieme per produrre i primi modelli open-source di tutti gli atomi di una proteina S integrale. I ricercatori affermano che questo è di particolare importanza perché la proteina S svolge un ruolo centrale nell’ingresso virale nelle cellule, rendendolo un obiettivo principale per lo sviluppo di vaccini e farmaci antivirali.
I dettagli possono essere trovati in un documento , appena pubblicato on-line in The Journal of Physical Chemistry B .
Questa demo video illustra come costruire questo sistema di membrane dai loro modelli di proteine SARS-CoV-2 S. Il programma di creazione di modelli è ad accesso aperto e può essere trovato dalla home page di CHARMM-GUI facendo clic sul collegamento Archivio COVID-19 o facendo clic sul collegamento archivio nell’intestazione, quindi sul collegamento Proteine COVID-19 a sinistra sulla barra laterale.
Sviluppato da Wonpil Im , un professore del Dipartimento di Scienze Biologiche e Bioingegneria dell’Università di Lehigh, CHARMM-GUI è un programma che simula sistemi biomolecolari complessi in modo semplice, preciso e rapido. Im lo descrive come un “microscopio computazionale” che consente agli scienziati di comprendere le interazioni a livello molecolare che non possono essere osservate in altro modo. Ulteriori informazioni su CHARMM-GUI sono disponibili in questo video .
“I nostri modelli sono i primi modelli di proteine SARS-CoV-2 (S) a piena lunghezza completamente glicosilati disponibili per altri scienziati”, afferma Im. “Ho avuto la fortuna di collaborare con il Dr. Chaok Seok della Seoul National University in Corea e il Dr. Tristan Croll dell’Università di Cambridge nel Regno Unito. Il nostro team ha trascorso giorni e notti a costruire questi modelli. La modellazione è stata molto impegnativa perché c’erano molte regioni in cui la modellazione semplice non è riuscita a fornire modelli di alta qualità “.